Sebelum MTs NU Raudlatut Tholibin berdiri di Desa Sidomulyo, Kecamatan Jekulo, Kabupaten Kudus, terdapat Madrasah Diniyah Miftahul Huda yang beroperasi dari 14 Juni 1981 hingga 1985, dipimpin oleh KH. Abdul Hanan. Madrasah ini fokus pada pengajaran agama Islam dengan jadwal malam, tetapi menghadapi kendala seperti fasilitas yang terbatas dan metode lesehan, sehingga akhirnya tutup setelah empat tahun.

Pada 30 Mei 1985, tokoh masyarakat setempat mengadakan musyawarah untuk mendirikan kembali madrasah, dan lahirlah MTs Raudlatut Tholibin dengan sistem pembelajaran yang lebih terorganisir. Sejak didirikan, kepemimpinan MTs ini mengalami beberapa perubahan, dimulai dengan Drs. Rumadi (1985-1987) hingga saat ini dipimpin oleh Arif Burhansyah, S.Pd. MTs NU Raudlatut Tholibin telah berkontribusi signifikan dalam pendidikan umum dan agama Islam di desa tersebut.